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　　本来，马英九宣布将这些“机密卷证”予以解密，是举手之劳，而且也是因应司法机关的要求，有其法理上的正当性，更是符合岛内广大民众的强烈意愿。但是，马英九却一度曾踌躇不决，既担心自己日后也将遭人“照板煮碗”地予以报复，尤其是在他本人也曾经被人以“特别费案”检控过的背景之下；又担心宣布“解密”后，陈水扁会提出“违宪”诉讼及民进党会趁着他的民意支持度“跌跌不休”，绿色团体正拟发动“倒马”街头活动之际，借此话题发动更激烈的“呛马”街头政治抗争，这可是一向“自洁自爱”的马英九难以承受的。

　　但是，马英九在经过一段时间的深思熟虑，甚至可说是“挣扎”之后，终于想通了，果断地就“国务机要费案”的“机密卷证”问题作出了重大的决定，而且还是“一撸到底”，超越了司法机关的“解密”请求，而是将之标定为“注销机密”。盖“解密”也者，表示该批“卷证”仍是属于“机密”，只不过是因为办案需要，而将之“解密”。倘此，可能会为日后留下后遗症，尤其是将会遭到陈水扁“违宪”的指控。而“注销机密”，则表示经过查核，这批曾被陈水扁以“国家机密”为由予以封存的卷证，其实都并不是甚么“国家机密”，完全无须以“国家机密”对待，司法机关可任意查阅使用。而陈水扁将之视为“国家机密”，是滥用了自己的“总统”特权，“挪火为自己煮食”。因此，马英九以比司法机关“解密”要求更为进取的“注销机密”方式处理这批卷证，颇有一石二鸟、连消带打之意，更为自己构筑起反制民进党人反扑的“挡火墙”。

　　当然，以马英九如此守法及谨慎的个性，之所以能作出了如此果断的决定，必然是有其合法合理的依据。实际上，据说马英九曾认真地审阅过这些“机密卷证”，发现其中的“单据”部份，与岛内“国家机密保护法”所指的“足以影响‘国家’安全”的信息、数据完全无关，本来就不应被之列为“‘国家’机密”。至于侦讯笔录部份，即使是属于“‘国家’机密”，按照法定程序，也应由检察系统报请“总统”是否列为“机密”，不应是由陈水扁自行决定列为“机密”，而陈水扁的做法却是完全违背了“程序正义”。何况，就连法院和检方，都已认定了笔录内容并无“机密”可言。

　　马英九以“注销机密”方式来处理“机密卷证”，很可能会引发重大的政治效应。因为既然不是“机密”，司法机关在审讯的过程中，就可不用进行闭门审讯，而是公开审讯。而在审讯的过程中，透过公众旁听和媒体报道，把陈水扁子虚乌有的什么“金钱外交”之类的虚假东西，以及以购买日用品以至奢侈品的单据当作是“秘密外交”经费等贪污事实全数抖了出来，即使是在司法上他还可借法官以种种理由予以轻判而避过大劫，但在政治上及道德上，他也已被判了“死刑”。