主张成立特侦组的论者认为，设立特侦组，主要在呼应当时人民“反贪渎的诉求”，特侦组的设置，其职司案件第1款之所以特别规定涉及“总统”、“副总统”、“五院院长”、“部会首长”或“上将”阶军职人员的贪渎案件，之所以强调侦办“总统”等高阶文武公务员的贪渎案件，与修法当时陈水扁先生家属所涉弊案及相关传闻或有密切的关系。一方面固然在呼应当时人民反贪渎的诉求，也与立法院蓝营政党席次居多有关。

　　而体现检察权的独立及检察官任免等人事事项的“内部民主化”，尤其搭配设置检察官人事审议委员会，组成委员共十七人，但“法务部部长”指派者仅四人，余十三人，由“检察总长”及其指派的代表三人与全体检察官所选出的代表九人组成。使检察官的任免等人事事项，“检察总长”及检察官代表能充分参与及表达，不再完全由掌握司法行政权的“法务部部长”决定，体现检察权某种程度独立于行政权及检察官内部的民主化。

　　2006年11月3日，台湾“高等法院检察署”黑金行动中心宣布“国务机要费”案侦查终结，以共同贪污等罪嫌起诉陈夫人吴淑珍。至于“最高法院检察署”特别侦查组，则在2007年4月2日正式挂牌成立。

　　2008年中国国民党候选人马英九先生赢得大选，再度政党轮替。2008年11月11日陈水扁先生因贪渎等罪嫌，经“最高法院检察署”特别侦查组申请台湾台北地方法院裁定羁押在案。

　　持续的政党轮替，实为清除政治贪腐的基本机制，塑造出有利的大环境，对前朝的“政府犯罪”、“黑金犯罪”，才有所谓“转型正义”的可能性。

　　检察制度：人权维护最重要

　　特侦组的设立，固有支持的民意，引发“最高检察署”实际侦办，由地检署起诉的特殊制度，亦引起法界讨论。因为检察官如果是“举世最客观的官署”，应能循一般检察官侦查机制，即由一般检察官侦办，为何要另辟组织，额外再设立“特别检察官制度”？