2008年6月底，马英九在就职一个月后晋升了一批将领。虽然一口气升了43名将领，其中，绝大多数都是陈水扁时代就已占缺待升、在前朝时期即由“国防部”考核建议的人事。比较引人注目的，是“海军司令部战计委员”施慧敏——前“部长”蔡明宪的办公室主任。曾任陈水扁侍从武官的刘志斌，也在这拨晋升少将之列，刘志斌时任海军124舰队副舰队长。

　　43位将领中，只有“总统府”侍卫长陈添胜、“总统府”侍卫室警卫主任李书涵、“国防部部长”办公室主任张惠荣3个人，是马英九上台后的人事安排。

　　侍卫长陈添胜中将，是“国防部部长”陈肇敏推荐的人选，台湾桃园人，现年53岁，空军官校59期毕业。马英九上台以后，刻意指定侍卫长及武官，一律必须是本省籍人员；3位上校武官分属陆、海、空3个军种，籍贯分别为闽、客、原住民籍台湾人。

　　“国防部部长”办公室主任张惠荣，1978年蒋经国时代曾荣获该年“国军英雄”，时为空军上尉。之后，曾任驻南非“大使馆”上校军事武官。2003年6月，晋升少将。马英九上台后，经陈肇敏拔擢推荐，晋升为中将。

　　马英九就职后的第二次巨幅调整军系人事，是在2008年12月底，这波人事调整，晋升了5位中将，包括:“国防部主计局长”赵一鸣、“国安局科技中心主任”郭崇信、“总政战局副局长兼执行官”郑瑞坚、陆军装甲兵学校校长兼“装训部指挥官”陈泉官、“海军舰队指挥部副指挥官”萨晓云等。及陈振国等28员少将晋升。这波人事晋升案，总共有33名将军人事异动。

　　最近的一次人事变动，是在农历新年后，马英九批准“总政战局局长”杨天啸上将接任“陆军司令”；“总政战局局长”由“副局长兼执行官”郑瑞坚中将代理；“陆军司令”赵世璋上将接任“国防部军备副部长”；“国防部军备副部长”林镇夷接任（台军最高军职的）“参谋总长”，林镇夷并由三星上将升为四星上将，也是马英九上台后第一位晋升的四星上将。

　　3名高官

　　1991年，杨天啸曾是前“陆军总司令”黄幸强的办公室主任。陈水扁那时还是“立法委员”，曾指控黄幸强涉及所谓贪腐事件，接连质询黄幸强案。媒体曾报道，陈水扁指控杨天啸以陆军总部办公室主任身份，奉黄幸强之命，到陆军官校和澎防部“企图湮灭证据”。这也是杨天啸大名头一次在传媒曝光。（按:斯时台军“国防部”曾将黄案调查结果答复陈水扁，表示并无所谓贪腐情事。）