然而，中国政府主导推动南海问题“搁置主权，共同开发”，并取得进展。二零零二年十一月，中国与东盟签订《南海各方行为宣言》；二零零五年三月，中国、菲律宾与越南国家石油公司签订《在南海协议区三方联合海洋震波探测工作协议》以及研究中的南海区域安全对话机制等，台湾是被排除在外的。

　　在这种形势下，陈水扁当局开始重新重视南海政策，但陈水扁当局更强调南海资源的保护，而不是强调主权的维护，并制造中国与有关国家在南海主权上的矛盾与争端。

　　二零零五年五月，陈水扁当局将“南海政策小组”及相关业务由“内政部”改归“国家安全会议”管理。随后，台“国安会”将南海、东海及西太平洋等相关“国家安全业务”合并交由“国安会”下设的“海域情势会报”处理。同年九月，陈水扁作为台湾地区领导人首次登上太平岛。在行政设置上，太平岛隶属于高雄市旗津区中兴里。二零零七年三月，高雄市政府海洋局依《渔业法》第四十五条规定，公告划设太平岛海龟繁殖保育区。

　　二零零八年二月，陈水扁再次登上太平岛，发表《南沙倡议》，其主要目的之一就是希望台湾以“主权国家”形式参与南海多边合作框架。因此，二零零八年二月任期届满之前，陈水扁第二次登上太平岛，再次公开强调台湾被排除在南海区域安全对话与共同开发合作之外是不公平的，呼吁南海周边国家依据《联合国宪章》与《联合国海洋公约》和平解决南海争端，台湾愿意在主权平等的基础上，接受《南海各方行为宣言》的内容，并希望参与正在研拟中的《南海行为准则》。显然，台湾是希望以一个独立的“主权国家”身份参与南海对话与合作，扩大台湾在南海问题上的影响力，提高台湾的国际参与度。

　　马英九当局重新强化南海主权立场

　　民进党执政期间，对于越南、菲律宾等国家侵占南海诸岛的行为，很少表态反对，没有公开宣示维护“中华民国”对南海的主权。这不仅因为台湾的能力有限，更重要的是，只要与中国有矛盾与利益冲突的事件，民进党当局都希望看到双方出现争端。而且民进党在政治上寻求制定“台湾新宪法”，要抛弃“中华国民宪法”在法理上等于放弃对南海的主权要求。